从《终结者6》开始，整个电影宇宙，就将《终结者2》之后的所有时间线抹除了，也就是说，其实《终结者6》才是真正的《终结者3》。

在《终结者2》以后，莎拉和儿子确实阻挡了天网的审判日，而她自己却被国家当成疯子，一直关在疗养院，其实在她梦境发生的「审判日」是真实的，不过这一切都发生在原始的1号宇宙，所以，虽然莎拉改变了原始宇宙的未来，却创造出了一个全新的平行宇宙，而原始宇宙依旧在1997年发生了「审判日」，同时30亿人口也被剥夺生命。

在2号宇宙中，天网虽然没有形成，但是在后来的时间里，人类又研发出了“军团”，军团与天网是一模一样的超级人工智能，因此，即便人类可以刺杀历史的关键人物，但永远无法阻挡历史发展的洪流。

当年在天网垮台之前，天网同时派出多种型号的终结者，前往不同的时空去刺杀康纳，当时在2号宇宙里，天网并未形成，审判日也没有发生，因此，在2号宇宙里，终结者执行的任务也是无效任务，康纳也不是未来世界的领袖，即便杀死他，也不会对整个时间线造成影响。

当时T-800杀死年幼康纳之后，它就暂时失去了存在的意义，后来他为了变得更像人类，于是成家立业，与妻子一同养着他们的孩子，至此，T-800慢慢觉醒情感系统，他明白了自己当年杀死康纳，简直是夺走了莎拉的生存意义，于是他对莎拉，发送了一条简讯，简讯没有署名，结尾只写着“为了康纳”，这段简单的话语，让莎拉重拾自己存在的意义。

在2号宇宙中，审判日虽然推迟了，但终究还是降临了，当时毫无征兆，在第一天，所有的机器全部停摆，在第二天，人类开始与军团作战，他们利用脉冲波，暂时阻挡住了军团的进攻。至此人类也进入了一个黑暗时代，这个时代是机器人统治人类的时期，一名叫丹妮的人，将所有废墟里的幸存者组织在一起，建立了反抗军，于是他们开始一起对抗机器人。在遥远的2042年，军团眼看败局已定，它开始派出一款全新的终结者Rev-9，前往2020年，去刺杀年轻的丹妮。同时未来世界的丹妮，也派出一名自己曾经救下的女孩，前往2020年，去保护年轻的自己，这个女孩是一名强化人，她是一个半人半机器的改造人，因此，也是唯一一个能和Rev-9抗衡的人。

Rev-9是一个冷血无情的杀手，他人狠话少，刚一落地，就杀死了丹妮的父亲，并伪装成丹妮父亲的样子，前去工厂接近丹妮，不料在他正要开枪射杀丹妮时，另一个伪装成工人的女孩，也不断朝他射击，将他打击的连连后退，最后他的全身也被打烂，并暴露出机械之躯。此时，丹妮还没从丧父之痛中回过神来，只见女孩将她揽入怀里，强行带走，并给她解释，那人根本不是她的父亲，如果不提早离开，她30秒内必死无疑。

他们三人一起驾车逃亡，可是Rev-9也已经恢复身体 ，并驾驶推土机，一直在追击他们，面对Rev-9的步步紧逼，那个名叫格蕾丝的女孩，跳入后车厢，不断拿起铁棍朝他抛去，瞬间将他钉在驾驶座上，不过Rev-9不像T-X那样弱智，他可以分裂出一个液态分身，继续朝丹妮他们攻击，但他刚扑到车厢时，格蕾丝就将他踢飞，不过他在跌下去之前，就将汽车的后轮拽下，导致汽车失去平衡，最终撞倒两侧的围栏，而他并未停手，瞬间抢下一辆汽车，继续朝丹妮他们的车撞来，幸亏格蕾丝及时将丹妮拉走，她们才躲过一劫。

随着爆炸的结束，Rev-9也被能量波解体，不过他很快就可以重构身体。格蕾丝拿起铁棍，准备迎战，关键时刻，突然出现一辆车，直接撞飞Rev-9的分身，车上下来的人，不断朝Rev-9的本体射击，将他打得遍体创伤，并推到桥下，同时用肩炮，一炮轰飞他的分身，并朝他的本体扔下一枚手雷弹，就潇洒转身离去。

与此同时，格蕾丝和丹妮趁机一起逃走，在逃亡途中，格蕾丝将丹妮父亲死亡的事实，全盘告诉了她，并给她解释了Rev-9的能力，只要他接触了人类，就可以复制人类，凡是被他复制的人类，必死无疑。她还没说完话，就由于身体过度消耗，差点崩溃，如果不及时注射特殊试剂，就会彻底玩完。于是丹妮带着她去药店抢药，本来已经得手，可是她们离开时，格蕾丝却体力不支跌倒，为了不让她们被抓，丹妮瞬间捡起手枪，威胁了一下店员，就将格蕾丝带走了。